本学科紧紧围绕安徽省环境保护和农业产地环境保护的目标，致力于安徽省重点区域、重要流域以及重大战略需求，开展水体、大气、土壤、生物等环境中污染物的迁移转化机制、污染控制与修复技术、环境毒理与评价等方面的科学研究，服务地方的社会经济发展；强化理论与技术成果的转化与应用，开展农业生产和环境保护科技服务工作，支撑和服务环保等产业发展。主要培养从事环境污染治理和生态工程设计高层次人才的高等教育专业，于2000年获环境工程专业硕士点，2003年获环境科学专业硕士点，2006年获环境科学与工程一级学科硕士点。目前已经逐步形成土壤污染生态修复、水污染控制工程、环境污染化学与毒理、生态环境监测与评价四个学科方向。

1.土壤污染生态修复

旨在解决土壤环境污染问题、强化农田生态修复、促进土壤健康与农业可持续发展。主要研究农田重金属、有机污染及农业废弃物处理问题，开展钝化剂制备与筛选、植物修复和微生物修复技术、生态修复技术等。

2.水污染控制工程

旨在解决农村及小城镇生活污水、农田面源及流域水污染问题、促进水环境综合治理。主要研究农村和小城镇生活污水生态处理的技术和装置、农业面源及流域污染控制技术、污水生物脱氮除磷技术、水资源保护等。

3.环境污染化学与毒理

研究污染物在土壤、水、生物和大气中的形态、行为和效应，研究不同形态的重金属、持久性有毒有机污染物、环境激素等污染物的环境行为及其对生态系统的影响，研究环境污染物及其在环境中的降解和转化产物在生物体内的吸收、分布、排泄等生物转运过程和代谢转化过程，阐明环境污染物对生物毒作用的发生、发展和消除的各种条件和机理，评价其环境风险，制定限量标准。

4.生态环境监测与评价

旨在开展环境监测与质量评价，推进环境质量综合管理。主要进行大气、水体、土壤、生物体等环境介质中的污染物监测，研究重金属、农药、抗生素、POPs等污染物对生物、种群等不同水平的生态效应。研究方向和内容对保障农产品质量安全、保护环境和人类健康具有重要理论和现实意义。